怪兽大学的主角大眼仔和毛怪，代表两种类型的学生——前者是“后天理论”者，外形可爱令它成为被小瞧、被霸凌的一分子，却凭着一股坚强意志，靠后天努力发光发热；毛怪则出身豪门家族，凴家庭背景混，本无心向学。两怪初识，分外眼红，携手闯祸而被令退学。为了弥补过错继续留校，两怪联手，力挽狂澜，从中发掘“友谊万岁”、“天生我材必有用”、“成功乃努力与天分的总合”等道德教育课本少不了的篇章。

最爱的部分，莫过于大眼仔为了证明本身是否够格当“怪兽”，而穿越至真人世界。那连接两界的门，除了是怪兽进入人类世界，靠吓小孩或人类以获得恐惧能量而续存的管道，也隐含大眼仔对怪兽天生“靠吓”的信念，从原本的制造恐惧进化为“无惧”，活出自己的同时，也引领毛怪破除身分与地位设限的框架。不过，那幕把成人吓得屁滚尿流的功臣，还得归于恐怖电影。

把教育真谛隐于动漫制作技术中，再分化至故事内，借以宣扬，大胆呈现“青出于蓝”的道理。作为主要观众为孩童的动画电影，一幕院长对二怪坦诚：“学府已经没有能够授予你们的知识”，似乎有“煽动”在籍学生无须尊师重道之嫌。回到现实，现在的年轻人每每说要突破框框或传统而不听老人言，先决条件则必须先了解该知识或道理，否则为了突破而突破，不知目标为何，又该如何突破。为人父母者有必要让孩子了解这道理，不然孩子叛逆，怪电影教坏小孩可不好。

值得一提的是，大眼仔和毛怪“毕业”一幕，无非是向皮克斯创始人——已故乔布斯先生致敬。